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    • 142020/04

      置 顶【空间转录组】第二弹之一文带你了解空间转录组研究思路和应用领域

      上一期,我们介绍了空间转录组测序的原理和实验流程,特别是在样本准备过程中需要注意的地方,(【空间转录组】第一弹之原理与样本制备,你都了解了吗?)今天,小编就结合具体文章案例来分享一些目前空间转录组的分析思路。首先来给大家分享一篇18年6月份发表在《NatureCommunication》上的文章,该研究通过利用空间转录组(ST)测序,分析表征空间差异基因和途径。一、发表时间:2018.06发表期刊:NatureCommunication影响因子:11.878研究方向:肿瘤-前列腺癌研究策略:将患者根治性切除后的前列腺癌组织根据病理学注释做了12张组织切片(具体位置如上图所示),共分析了5910个区域,并利用反卷积方法分析转录组数据。

    • 302020/03

      置 顶Nature review||新视角揭示肿瘤——从CAF开始

      近年来,对肿瘤微环境(Thetumormicroenvironment,TME)的研究犹如显微镜般将肿瘤研究聚焦于更精确更细致的研究层面,对于肿瘤发生生长及转移等机制的揭示具有决定性的作用,对于肿瘤的诊断、防治和预后亦有着重要的作用。在TME中,肿瘤相关成纤维细胞(cancer-associatedfibroblasts,CAFs)对于TME的形成和发展具有至关重要的作用。CAFs可重塑细胞外环境(extracellularmatrix,ECM),分泌生长因子(growthfactor),影响血管形成(angiogenesis),调解免疫系统(immunesystem)等,具有促进肿瘤和抑制肿瘤的双重功能,对肿瘤机制研究、肿瘤药物治

    • 242020/03

      置 顶单细胞文献盘点|二月单细胞高分文献汇总

      本期,小编带大家来看看2月份有哪些单细胞转录组测序相关的高分文章吧~2月份共整理21篇高分文献(IF>20),其中,构建单细胞图谱的文章有6篇,涉及首份人类胸腺细胞图谱,灵长类动物衰老卵巢细胞图谱、以及对小鼠肠道、皮肤、视交叉上核和内皮细胞的单细胞转录组图谱进行绘制。生长发育有6篇,包括干细胞分化、类原肠胚、类器官;肿瘤相关的文献3篇,免疫相关的文献4篇;神经科学2篇。(扫描文末二维码,获取所有文章连接~)下面小编将针对7篇CNS文献进行简单介绍:一、题目:MAFG-drivenastrocytespromoteCNSinflammationDOI号:10.1038/s41586-020-1999-0发表期刊:Nature影响

    • 162020/03

      置 顶技术抢先看|全新空间转录组测序数据分析策略来咯~

      前几期,小编已经分享过单细胞与空间转录组联合应用于骨髓造血微环境的文章咯。(感兴趣的小伙伴,可以补课哦~)本期,小编将重点介绍一下烈冰生物针对人类样本的空间转录组数据的分析策略。烈冰生物单细胞转录组测序与空间转录组测序联合分析流程也正在最后的优化测试阶段,即将与大家见面,敬请期待?。ǜ辖艄刈⑽颐前?,方便下次订阅~)首先,给大家分享一篇2020年1月13日发表于《NatureBiotechnology》的高分文章:Integratingmicroarray-basedspatialtranomicsandsingle-cellRNA-seqrevealstissuearchitectureinpancreaticductaladeno

    • 132020/03

      置 顶十周年钜惠|烈冰甲基化测序助力科研新高度

      十周年特惠酬宾第一弹:CpG岛精准甲基化测序一站式服务现只需2999元/例(没错,包括整个测序的实验过程和分析过程),击穿低价。让您花最少的钱,开展最优质的测序项目,体验最好的服务。CpG岛精准甲基化测序专注于人和小鼠数据库,精准度高,测序深度深、捕获效率高,可以更好地为医学生物学研究服务。如果有兴趣做相关的研究,或者不了解具体操作,都可以随时通过下方电话或邮件与我们沟通,我们时刻准备着为您提供完整的甲基化研究解决方案。扫描下方二维码,关注公众号“烈冰生物”,后台回复“甲基化活动”还可以获取烈冰生物CpG岛精准甲基化测序研究方案哦~

    • 102020/03

      置 顶单细胞核转录组测序(snRNA-Seq)揭示人与小鼠在阿尔兹海默氏疾病中的差异

      前几天,小编向大家分享了单细胞TCR测序技术在阿尔兹海默氏疾?。ˋlzheimerdisease,AD)中的研究,今天烈小冰将为大家带来单细胞核测序技术(Single-nucleusRNAsequence,snRNA-Seq)在AD中的相关研究。一、单细胞核转录组测序技术(snRNA-Seq)随着单细胞转录组测序技术(scRNA-Seq)的蓬勃发展,其在在胚胎发育,肿瘤细胞异质性,免疫细胞转化等多方面屡建奇功,但是由于细胞形态的不同和单细胞制备中细胞敏感性的差异等因素影响,scRNA-Seq在数据分析时可能会出现细胞类型占比失真,个别细胞类型丢失等情况。为了克服单细胞测序技术的局限性,单细胞核转录组测序技术(snRNA-Seq)应运

    • 062020/03

      置 顶盘点|一月单细胞高分文献汇总

      最近几期,小编分享了多篇单细胞转录组测序相关的高分文献,很多小伙伴直呼不过瘾,那么本期,小编将2020年1月份发表的scRNA-Seq相关的高分文章进行汇总,并对发表期刊、研究方向及分析平台进行整理,具体信息如下:1、题目:InvitrocharacterizationofthehumansegmentationclockDOI号:10.1038/s41586-019-1885-9发表期刊:Nature影响因子:44.07发表日期:20200108研究方向:发育-脊柱摘要:脊柱的节段组织是在胚胎发育的早期建立起来的,此时成对体节由前体节中胚层(PSM)有节奏地产生的。体节形成的节奏是由一种被称为分节时钟的分子振荡器控制的。虽然这种振

    • 032020/03

      置 顶ScRNA-Seq联合Ab-Seq提示HIV-1慢性感染MAIT细胞功能损伤新机制

      人类免疫缺陷病毒(HIV)是一种能够攻击人体免疫系统的病毒,主要感染并破坏CD4+T淋巴细胞。大量研究发现,HIV感染者体内多种细胞,包括单核细胞、树突状细胞、NK细胞、天然免疫T细胞等免疫功能缺失或降低,导致机体不能有效清除HIV病毒。特别是近年来研究提示,HIV慢性感染时,机体多个淋巴器官和淋巴组织(包括肠道、骨髓、淋巴结等)的区域免疫能力大幅受损,并对机会性感染的防御能力大大降低。然而,HIV诱导的区域免疫损伤机制尚不甚清楚,目前在临床上还缺乏靶向机体区域免疫的治疗策略和手段。粘膜相关恒定T细胞(MucosalassociatedinvariantT,MAIT)是一类进化保守的天然免疫T细胞,表达半恒定T细胞受体(Tcellr

    • 282020/02

      置 顶利用NovelBrain单细胞云探寻新冠病毒受体ACE2在人体器官中的分布

      目前,新型冠状病毒感染疫情仍处于胶着状态。为了能尽快研制治疗新冠病毒的药物,科学家投入临床研究和科研中,不断认识和理解新冠病毒的致病机制。新冠病毒与SARS病毒结构相似,都是通过结合ACE2受体进入人体细胞来发挥作用。肺脏中存在ACE2,因此可能成为病毒的主要攻击靶点,但陆续发现很多患者也出现了器官功能受损症状。日前,《柳叶刀》子刊LancetRespiratoryMedicine发表了武汉金银潭医院收录的52名新冠肺炎危重患者的临床疾病进展和相关研究结果,发现其中15名(29%)患者出现急性肾脏损伤,12名(23%)出现心脏损伤,15名(29%)出现肝功能异常。因此,了解ACE2在人体组织的分布及表达水平对解析病毒的作用机制具有一

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