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    烈冰单细胞浏览器教你完美解读ScRNA-Seq数据分析结果 时间:2019-11-25

    烈冰单细胞浏览器教你完美解读ScRNA-Seq数据分析结果

    相信很多小伙伴在攻克九九八十一难做完分析时,是这样的,满心期待来看结果时,却变成了这样。

    l  面对大量繁琐的分析结果文件时,说不清理还乱;

    l  想要获得每个Cluster中基因表达量原始信息而翻遍整个文件夹?

    l  想得到不同Marker基因的Feature Plot?一遍遍的写代码重跑RDS着色?

    l  为了得到配色满意、符合文章发表要求的图片,耗费大量的时间和精力来修图,严重推迟文章发表进度。

    现在这些统统都不是问题??!小编帮你轻轻松松解决??!无需复杂的PS操作,轻松一键得到满意的细胞类型鉴定t-SNE图(图1右),留下大把的时间去挖掘深层次的生物学意义?。?! [i1]

    图1 细胞类型鉴定前(左)、后(右)颜色及名称修改对比图

    烈冰生信团队根据丰富的实战经验为用户量身打造了一款单细胞测序结果解读的神兵利器——单细胞浏览器(Single Cell Browser),不仅可以将海量复杂的结果文件可视化,还是国内首款可以实现三维立体化展示的软件。下面就跟小编一起来了解一下这款神器吧。

    小编将从Cluster相关信息、细胞类型的鉴定、基因表达情况、分析结果的2D/3D图像转换四个角度对单细胞浏览器的主要功能进行简单文字说明和操作演示。(文末配有单细胞浏览器的整体视频~)

    1.Cluster相关信息

    单细胞浏览器不仅可以对细胞聚类的结果进行可视化展示,还可以对:(1)不同Cluster对应的细胞数量、基因表达量、RNA表达量、样本细胞分布、线粒体RNA表达量等;(2)所选Cluster的基因数,UMI数量、线粒体RNA占比等具体信息进行展示,方便大家一键寻找~

    2. 细胞类型的鉴定

    单细胞浏览器还为大家提供一定的个性化服务(所有图片均可下载,并且都达到了文章发表的要求哦~):

    1)      单细胞浏览器默认展示选定Cluster中Top20的Marker基因;用户也可以通过一键导入gene list构建个性化基因列表;轻松一点即可展示任一Marker基因的Feature plot。

    2)      判断好细胞类型后,可以通过修改Cluster的颜色和名称,从而得到配色满意、类型确定的t-SNE图。

    3.基因表达情况

    单细胞浏览器可以通过基因表达量、Heatmap、Violin图三种表现形式对基因在Cluster中表达情况进行多方面展示,最大程度上满足用户需求。

    1)      表达量表格,以表格的形式详细描述所有基因在Cluster中的表达量;并可以链接到NCBI,查看基因的详细注释信息。

    2)      Heatmap图:整体展示marker基因在每个Cluster中的表达情况,可以直观的观察细胞类群表达的基因模式及信息,帮助判断细胞类型。

    3)      Violin图展示基因表达高低差异,单细胞浏览器可以通过挑选关注的基因、更换Cluster的名称来绘制Violin图,还可以通过调节图片的宽、高和系数比来调节美观。

    4.分析结果的2D/3D图像转换

    (最最最炫酷的来咯~)

    单细胞浏览器可以针对t-SNE图和pseudotime结果进行三维立体展示,方便大家可以更加直观立体的观察细胞分布和聚类情况。


    单细胞浏览器生成的t-SNE图、Heatmap、Violin图均可达到文章发表的要求;界面简洁明了,一键搜索关注基因节省了大量的时间;3D立体化展示,方便更加直观深入的观察。

    有没有怦然心动的感觉?操作简单,功能强大。没错,这就是你想要的单细胞浏览器。快来亲自体验一下吧 。详细的操作动图可以点击https://mp.weixin.qq.com/s/wPhNRl4xjRHxz-FIjZzElw浏览哦~


    网址:http://singlecell.novelbrain.com

    账号:2295805017@qq.com

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